Αρμόδια Όργανα για την ίδρυση, διοίκηση, οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το άρθρο 31 του Ν. 4485/2017, στο οποίο περιγράφονται και οι αρμοδιότητές τους αντίστοιχα είναι:

1. Η Σύγκλητος του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης

2. Η Συνέλευση του Τμήματος

3. Η Συντονιστική Επιτροπή(Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ.

4. Η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών

5. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ.

Διοικητική υποστήριξη του Π.Μ.Σ.
Τη διοικητική υποστήριξη του Π.Μ.Σ. έχει το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού. Στο Τμήμα λειτουργεί Γραμματεία του Π.Μ.Σ.που επιλαμβάνεται των διαφόρων θεμάτων για τη λειτουργία του προγράμματος.

Επίσης σύμφωνα με την παρ. 5 του άρθρο 30 του ν. 4485/2017 το Πρυτανικό Συμβούλιο του Δ.Π.Θ. έχει την ευθύνη της τήρησης του νόμου, σε ό,τι αφορά στην οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ. και του Κανονισμού Μεταπτυχιακών Σπουδών.